Bir gece yarısı, aynı okulun aynı sınıfına giden 17 çocuk, gizemli bir şekilde ortadan kaybolur. Kaybolma anı, ne görgü tanıkları ne de kamera kayıtları tarafından açıklanabilecek türdendir. Olaydan yalnızca bir çocuk sağ kurtulur, ancak yaşadığı travma nedeniyle konuşamaz hale gelir.
Ertesi sabah, sınıf öğretmeni Justine Gandy (Julia Garner) derse geldiğinde öğrencilerinin masalarının boş olduğunu fark eder ve durumun ciddiyeti hızla anlaşılır. Kısa süre içinde tüm kasaba alarma geçer. Çocuklardan birinin babası Archer Graff (Josh Brolin), hem bir ebeveyn hem de kasabanın köklü sakinlerinden biri olarak olayın peşine düşer. Soruşturmayı yürüten kararlı polis memuru Paul (Alden Ehrenreich) ise sıradan bir kayıp vakasıyla değil, kasabanın tarihinin en karanlık olayıyla karşı karşıya olduğunu kısa sürede fark eder.
Araştırmalar derinleştikçe kasabanın geçmişine dair bastırılmış sırlar, yıllardır üzeri örtülen şiddet olayları ve "Weapons" adı verilen eski bir gizli deneyin söylentileri gün yüzüne çıkar. Okul müdürü (Benedict Wong), konuyu kapatmak isteyen yetkililer ve suskun kasaba halkı, gerçeğin ortaya çıkmasını zorlaştırır.